Romane skaitytojas nukeliamas į XVI amžių, kai miestas dar tik kūrėsi, kuomet vyskupas Jonas, jam suteikęs savo vardą, pradėjo Joniškio istoriją. Pasakojimas apima pagoniškų tradicijų nykimą, krikščionybės įsitvirtinimą ir bendruomenės virsmą. „Jono palikimas“ įtaigiai supina istorinius faktus su išmoningai sukurtomis fabulomis, perteikdamas gyvą, tikrovišką praeities atmosferą ir žmogaus likimo dramą, glaudžiai susijusią su istorijos tėkme bei gamtos ritmais.